到明代后，上泉寺的人气仍然很旺。洪武二年（公元1369年），寺院住持僧觉林化缘筹集资金，对上泉寺进行了一次重修，使寺院建筑更显得庄严。本州的官员、文人纷纷前来观览，当地的善士个个解囊捐修。
　　这里要说一桩方志中的公案。洪武年中，时任荆门州吏目（相当于今之秘书长）的偶武孟，游历上泉寺后，写了一首《灵鹫梵音》五律诗：“林泉纵奇赏，仿佛青莲宫。龙潭自澄澈，石台更巄嵸。灵鹫杂经呗，空谷传鼓钟。谁能脱尘鞅，蹑履来相从。”其诗意是说，我放任地观赏林泉的奇景，好像到了极乐世界的净土。泉水本来是这样的清澈，山岩更显得分外高耸。风声夹着寺院的颂经之音，空旷的山谷中又传出钟鼓之声。谁想要摆脱世俗的羁绊，就请恭恭敬敬地来和我一起游览参禅吧！其诗情景交融，对仗工整，尾联转折明旨收合，颇见其功底。这本是明人之作，明代版《荆门州志》已有明确的记载。而乾隆版《荆门州志》的编者们因脱离明代州志，将此诗的著作权说成是“宋胡曾守荆州入觐（皇帝召见）过此，闻泉甚美，夜秉烛以游，题诗云”。后来，清嘉庆版、同治版《荆门直隶州志》均照抄照搬，以讹传讹。其实，胡曾并不是宋代人，而是唐代人。《全唐诗》中收录了他的七言诗163首，其中，与荆门略略有关的是一首《荆山》诗。
　　明洪武三十年（公元1397年），知州应伯和游上泉寺后题写了五律诗一首：“方沼吐金莲，冬青插满园。晓风香馥馥，午夜月涓涓。松密巢仙鹤，岩深引蜀泉。上方钟鼓罢，老衲共谈禅。”诗以谈禅作结，摄取了寺中一个特写镜头。
　　正统五年（公元1440年），有信士姚信通捐资重修上泉寺正殿。现遗存的正殿大门石鼓座上镌有重修记事题刻。姚信通的功德善举凭石鼓座实物有幸地保存了下来。
　　正德九年（公元1514年），时任荆门州学正的福建闽县人林球游历上泉寺，吟诵了一首五律诗以纪其事：“一涉上泉寺，飘然快赏心。金莲开水底，琼树长岩阴。龙伯诸宫壮，禅师古洞深。停骖探旧迹，碑字半苔侵。”全诗以白描的手法勾画出了一幅上泉寺的典型物象图。
　　正德十年（公元1515年），信士姚秀捐资，又将正殿进行了重修，也刻了重修记事题记于石鼓座上。
　　嘉靖四十三年（公元1564年），河南商城熊祚游历了上泉后，在山壁上刻下了“流膏”两个大字的摩崖石刻，表达了对泉水的赞美之情。
　　万历四年（公元1576年）十月九日，荆门人姚叔荐在泉旁山壁上镌刻了一首五律诗和一首七言绝句。律诗中有“僧从云外隐，人傍鉴边行”句，系从唐李白《送友人入蜀》“山从人面起，云傍马头生”句化出，形象生动。绝句中有“一钵开山自远公”句，饱含追怀慧远禅师之情溢于诗行。
　　万历十一年（公元1583年），有众善捐资重新装修了上泉寺三世诸佛，阿难、迦叶二尊、同装观音、善财、龙女三尊。使佛殿众神像光彩照人。碑刻记载了这次的信善功德。
　　万历十三年（公元1585年），上泉寺僧天钊为圣境山书刻了《积善建功碑记》和《圣境山天门碑记》。那深厚的楷书功底，在拓片中彰显得分外亮眼，反映了上泉寺僧具有较高的文化素养。
　　经过明末的战乱，上泉寺惨遭破坏。清康熙十一年（公元1672年），寺院住持僧海澄率领众徒广筹资金以重修上泉寺。此举得到了时任荆门知州何成祖的大力支持。何成袓亲自捐银三十两。在他的带动下，湖广荆当等处地方副府许登联捐银六两，中军守府布什汉捐银十两，吏目翟威风、刘文焕、南鹏、佟鹦彩捐银十两。还有众多善信都解囊相助。此次的重修工程有四项：揭盖前殿、重修后殿、加修观音殿、菩萨装金等，使上泉寺的面貌焕然一新。