至崇祯十五年（公元1642年），李闯王动用了二万兵力，采取外架云梯等方式攻城，血战七昼夜，才将荆门城攻破。此次战火使荆门城垣破坏殆尽，城内的公廨、坊市和民房等建筑物几乎全部被毁。

　　清顺治二年（公元1645年），寇据西山，不时攻城，城门楼尽毁。顺治五年（公元1648年），副将张文富率兵民重修，大致恢复了旧貌。顺治十二年（公元1655年），守备孙光哲在北门城上添修了一座小楼。由于州守的相继修葺，南、北、西关及枣园，烟火相望，又呈现出繁荣的景象。

　　乾隆九年（公元1744年）夏，暴雨连绵，东、西、北三面城墙坍塌二十余处，垛口倒塌三百余处，知州舒成龙组织人员勘察后，计划五年修复。乾隆十年（公元1745年）至十四年（公元1749年），每年加工修筑，计费用银二千余两。除修复坍塌的城墙和垛口外，还修复了南北两门。乾隆十五年（公元1750年），又修复了小南门，改“南薰”为“凤鸣”，并在城上建楼，供奉文昌神像。乾隆十九年（公元1754年），又花纹银三百余两，修复了西门，并升高加宽二次。至此，州城“壁垒坚固，女墙峻起，城门亦壮观瞻矣”。舒成龙的政绩是多方面的，而重修荆门城是其一大亮点。

　　后来，城垣逐渐毁坏，雉堞残缺，楼楯倾圮。道光十七年（公元1837年），知州吕恂奉命来守荆门。他亲视城垣，见状后十分感慨地说：“倘任其颓废，不重新修筑，则‘豆腐城’之谣将复作矣！”于是捐廉倡修，毅然以为己任。合邑绅耆共襄义举，各乡士民，急公赴义，踊跃捐资重修，一年竣工，使荆门城恢复了旧观。吕恂因城工过于劳瘁，病疾卒于任上。刘世兰所撰的《吕公重修城垣碑记》，记载了当时修城的情况，表达了对知州吕恂的敬佩之情。

　　同治元年（公元1862年），捻军进攻京山和钟祥。代理知州蒋照，组织绅士和地方团练，添募义勇，严加防范。他动员军民补修加固荆门城墙，并用铁皮包钉五处城门，大大提升了城防能力。此事在同治版《荆门直隶州志》中有记载。有的文章将蒋照加固城墙、铁裹城门的史实，张冠李戴地改成是咸丰八年（公元1858年）知州黄昌辅所为，并说黄将“平泰门”改为“南薰门”。错。遍查所有荆门地方志史料，并无此说的一点蛛丝马迹。

　　1938年，日军占领武汉后，于11月初派飞机轮番轰炸荆门，使荆门城遭到极大的破坏。据说，当时的县政府为了加快城内人们的疏散，决定拆除城墙，仅留五门。1940年日军侵占荆门，又拆除了部分城墙。

　　1948年，国民党一个团的兵力驻扎荆门，重垒旧城作为防御工事。此时新筑的临时城垣，不到一年的光景，就被战火所毁灭。

　　解放后，1959年改造工商街时拆除了东门。后来又相继拆掉了西门和北门，仅残存大小南门的遗迹。后来修建仿古一条街，在大小南门原址上重修两门，于1993年9月竣工。其中，大南门本名平泰门，这次重修错名为南薰门。

　　关于荆门城内外的街道布局，明清时期，有街道十四条，即老州街、学宫街、十字街、后街、小巷街、金虾河街、布场街、北街、东街、西街、南台土门街、枣园街、集街、北关街等。此外，还有牌坊20余座，此处且不细说。

　　改革开放以来，荆门城区的面貌发生了巨大变化，老城区得到了改造建设，新城区得到开拓发展，一座新兴现代化的中等城市正在快速崛起。历代那些为荆门城作过奉献的人们会永垂荆门史册。