清乾隆十九年（公元1754年），传临济正宗三十六世清慧和尚，为了保护祖遗田亩和复置的田产三十余亩、草山四行等财产，特立碑重戒，不准当卖庙产，否则，送入公庭，一体惩法。这一年，他还和僧持修一起，募化十方众善，重修了前大殿。清乾隆三十年（公元1765年），信士薛良玉、张学圣等又倡首捐资，重修了中大殿。

　　清道光七年（公元1827年），有江陵武庠（武学）首人张凤鸣，纪山首人张开基、田士道、冯祖培，国学李士彩、徐大朝，武昌首人谢洪泰、谢广顺、陈永兴商行老板等积极捐资，重修后大殿，加五色宝顶，上铁练四条绾定。下添石香炉一座，旁开月亮门二重。东塑禹王一尊，西塑龙王一尊。新添月台捲蓬、化钱炉，旁添围墙二道。同时，中大殿彻底尽换，朽坏者亦多新塑，合后殿神龛、龙匾、神像，一齐装金修理。山门三改为一屏墙，高厚加倍东西围墙，两塔重新一志。所请石工为李明爵。由此可见，清道光年间，纪山寺可谓是大修鼎盛之时。

　　清同治三年（公元1864年），有首士戴荣焕等领衔倡捐，240余名善士踊跃解囊。寺内西丈住持僧德净，徒行嵩、侄行脍，孙觉玉、觉顿；东丈僧观亮，徒寂参，孙性照等均亲捐积蓄。于是请良工装修地藏一尊，十王一尊，观音一尊，文昌一尊，祖师一尊。使各殿神像焕然一新，并刻下了《盖闻山不在高》和《盖闻作善降祥》的碑文以资纪念。这次重修佛堂的工程于同治三年农历四月十五日竣工落成。

　　清光绪八年（公元1882年），有信女马门姜氏、李氏为主修，善士李起纲、戴云贤和李永贵三人为副修，共同捐资修建了后殿大门前的一座飞檐翘角的过厅。其过厅里侧两根石柱的西、东两面上，阳刻大楷书“甘露宏施，功裕白华山上；慈云普荫，道全紫竹林中”的十字禅联一副。联意谓：有佛法保护指引，修行者定会功德圆满，得道成佛。两根石柱的南侧面上阴刻大楷十八字禅联一副：“久矣慈悲大士，看苦海无边，静座莲台念古佛；诚哉灵感观音，知迷津有岸，勤撑宝筏度世人。”联意谓：只要坚持和心诚，一定会感动观音菩萨，度你到极乐彼岸。

　　过厅外侧东柱西面上部镌刻黄良佐的七律诗：“南纪山高望郁苍，前朝古寺历隋唐。千江水气浮晨霭，万壑钟声下夕阳。松径客穿芒履湿，龙湫僧洒衲衣凉。上方遥接诸天近，却借云烟护栋梁。”全诗写出了纪山寺的历史、环境和气势，意境高远。下部刻散人的七律诗：“山势崔嵬气郁苍，传闻古寺建巢唐。松间白鹤应幽径，潭底乌龙不久藏。登山真觉云烟渺，眺栏又闻草木香。欲将景物全描写，怎奈野叟笔疏荒。”诗中展示了野叟观白鹤、吟潜龙的情趣。外侧西柱东面上部刻翁长庚的七律诗：“振衣同上月台亭，古刹云深入杳冥。香径草荒秋露白，山村雨过暮烟青。天空一雁来北楚，木落诸峰见南荆。五十三参佛堂上，晨钟暮鼓庆太平。”诗中极写纪山寺的秋韵，后以禅意结尾。下部刻韩炳龙的七律诗：“昔年曾到纪山游，回首重添万古愁。仔细揖身同驭马，辛勤创业漫如牛。青山不改前时瘦，红蓼依然旧处稠。惟有人生一瞬耳，滔滔苦海早回头。”诗意突写愁绪及愁因，叹人生短暂，不如回头随缘罢了。上述禅联和律诗平添了纪山寺的文化底蕴。

　　据说，民国十二年（公元1923年），纪山寺曾由乡民维修过一次。抗日战争时期，纪山寺曾遭日寇的飞机轰炸，住寺法师佛明、佛慧逃难而去。后来，纪山寺又遭大火焚烧。解放前夕，纪山寺只残存破败不堪的山门、大殿、后殿和几间厢房。

　　新中国成立后，纪山寺曾几次进行过简单的修葺。1987年，四方铺乡政府向上级争取资金4万元，对后殿进行了修缮加固，重立了十二佛像。1992年，四方铺乡政府筹资20万元，香港爱国实业家冯德勤女士捐助10万元，总计30万元，将大殿修复开光。2005年，净心法师住持纪山寺，披肝沥胆，弘扬佛法。经过几年的努力，修复了牌坊、山门、大殿、念佛堂、藏经楼、观音殿、弥陀殿、药师殿、千佛殿等建筑设施，使纪山寺得到振兴和发展。

　　寺内所保存的明代铁钟，明辽藩沅陵荣简王圹志，明辽藩远安镇国中尉圹志，清乾隆、道光、同治、光绪年间的碑刻等珍贵文物，是研究纪山寺历史文化的重要文献资料。

　　如今，纪山寺雕梁画栋，金碧辉煌，呈现一派鼎盛繁荣的景象。一年一度的纪山庙会，已成为荆襄古道上的一道亮丽的风景线。