2009年4月6日，《中共中央 国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》公布。7日，《医药卫生体制改革近期重点实施方案（2009—2011年》公布。两个文件的出台，标志着医药卫生体制改革进入全面实施阶段;2009年8月，《国家基本药物目录（基层医疗卫生机构配备使用部分）》（2009版）发布，遴选确定了307种基本药物。
     2010年2月卫生部、中央编办、国家发展改革委、财政部、人社部联合发布《关于公立医院改革试点的指导意见》，确定16个公立医院改革试点城市;2010年12月3日，国务院办公厅转发国家发展改革委、卫生部、财政部、商务部、人社部五部门《关于进一步鼓励和引导社会资本举办医疗机构的意见》，指出民营医院将在准入等方面与公立医院享受同等待遇;2010年12月9日，《国务院办公厅关于印发建立和规范政府办基层医疗卫生机构基本药物采购机制指导意见的通知》公布，要求对政府办基层医疗卫生机构使用的基本药物实行新采购办法，推进基本药物制度的实施;2010年12月14日，《国务院办公厅关于建立健全基层医疗卫生机构补偿机制的意见》公布，明确基层医疗卫生机构实行基本药物制度后的补偿渠道。
    2011年6月23日，国务院医改专家咨询委员会第一次全体会议举行。来自海内外的30多位专家与会，建言公立医院改革顶层设计;2011年7月7日，《国务院关于建立全科医生制度的指导意见》发布，明确培养建立全科医生制度，使之成为居民的“健康守门人”;2011年7月12日，国务院办公厅转发国家发展改革委、财政部、卫生部关于清理化解基层医疗卫生机构债务意见的通知;2011年7月14日，
    《国务院办公厅关于进一步加强乡村医生队伍建设的指导意见》发布，明确村卫生室纳入基本药物制度和新农合实施范畴。
    2012年3月，国务院出台《“十二五”期间深化医药卫生体制改革规划暨实施方案》，全面部署2012-2015年期间深化医药卫生体制改革，医改进入新的实施阶段。

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